西方社會自1970年代之後逐漸體認，單憑理性和科學無法解決醫學中與人性相關的課題，甚至認為，教育體系中人文素養的培育和社會科學的反思反而更能讓社會新鮮人融入社會，與社會共存共榮。兼具教育家、心理學家及哲學家身份的約翰．杜威認為，人文素養中的美學教育應該從小開始，而且教育應該有其方法，才能培養年輕人後續學習的力量。1980 年代，西方教育界開始提倡「拾回遺落的人文素養」，在臺灣醫學教育圈順應此國際潮流，積極在醫學教育中加入人文學科之際，高雄醫學大學早已將人文教育視為本校的教育核心。因此自1987 年起本校陸續成立「心理學系」、「醫學社會學與社會工作學系」、「兩性研究中心」（「性別研究所」之前身）。於101 學年度，本校並正式奉教育部核准成立「人文社會科學院」，其下設有兩系一所，亦即「心理學系」、「醫學社會學與社會工作學系」、「性別研究所」、「正向心理中心」、「華語文中心」及負責通識課程的四中心—語言與文化中心、人文與藝術教育中心、基礎科學中心與體育教學中心。為落實人文涵養與社會關懷之教育目標，強化教學研究及通識教育，在104年通過校務會議，將原隸屬於通識架構的四中心（語言與文化中心、人文與藝術教育中心、基礎科學中心與體育教學中心），獨立運作，104學年度第二學期正式實施。

「人文社會科學院」 除研究中心，有兩系一所，意即「心理學系」、「醫學社會學與社會工作學系」及「性別研究所」。「心理學系」及「醫學社會學與社會工作學系」分別成立於1987年及1989年，當時皆隸屬於健康科學院。該學院著重於研究如何照顧及增進個體的身體（生理）、心理健康，及如何改變環境使人類有健康的身心狀態。「心理學系」結合附設醫院臨床相關醫療環境，教師的研究與專業為學理與實務兼具，其特色在於訓練學生對人的行為與心理，具備高度的敏感度與洞察力；「醫學社會學與社會工作學系」之研究發展重點則以老人、身心障礙、兒少等群體為主，運用社會工作方法與資訊科技結合，發展出可實踐於醫院、學校、社區及職場等領域之知識，畢業生活躍於健康照護與社會服務之相關領域。

「性別研究所」碩士班於2001 年成立，隸屬於護理學院，2012年開始，隸屬於人文社會科學院，為國內唯一設立於醫學大學之性別相關研究所。性別研究所的教育宗旨為培育性別研究與實踐的專業人才，融合社會學理論與性別觀點，促成教學及研究的多元性及豐富性，畢業生於「性別、醫療與科技」、「性別與社會文化」及「女性主義與實踐」三大領域皆能發揮所長。

本學院的「心理學系」、「醫學社會學與社會工作學系」及「性別研究所」為本校對外服務最具機動力的教學單位，研究與教學均稱為南台灣相關領域的重鎮。「人文社會科學院」下另設有「華語文中心」，推動境外生的華語學習；「正向心理學中心」功能於正向心理學的教學、研究與推廣；「健康與社會政策研究中心」，促進健康與社會相關政策之制訂；「跨文化研究中心」，強化本學院文化研究與跨領域研究。為強化教學與研究，「人文社會科學院」 將進一步成立人文學相關研究中心，並在組織上整合、在功能上強化、在資源上挹注，以期在研究與社會服務之外，真正培養出兼具人文素養與社會關懷之醫學專業人才。